На мой взгляд, вопрос подчинения сотрудников связан с особенностью административной организации управления (вертикальная взаимосвязь начальник-подчиненный). В то же время, все методики улучшения связаны с совершенствованием различного рода процессов (горизонтальная связь клиент-поставщик). Вам надо решить в каком случае задача совершенствования процессов будет решаться более эффективно. В административной модели это напрямую зависит, во-первых, от качества информационных связей между подразделениями (содержание, контент) и, во-вторых, от степени "открытости" во взаимоотношениях между подразделениями на самых разных уровнях, способности руководителей находить общий язык (среда, контекст).

Если вы подчиняете лидеров перемен локально, то качество улучшения сквозных процессов будет напрямую зависеть от способности руководителей выстроить взаимодействие друг с другом на основе общих целей. Если они смогут совместно их выработать, то прямое взаимодействие подчиненных в горизонтальной плоскости пойдет лишь на благо процессам. Если нет, то максимум - локальная оптимизация.

С другой стороны, при централизации актива в одном отделе, проблема координации их усилий решается гораздо проще, но возникает вопрос тех-же информационных связей между руководителями подразделений и руководством отдела по улучшениям.

Фактически стоит выбор той модели, при которой взаимопонимание будет найти проще всего. Конечно, всегда остается возможность "продавливать" решения со стороны группы улучшения, но это приведет лишь к возникновению сопротивления и последующему "отторжению" лишней организационной единицы.